Lula optou por manter integralmente apenas 9 dos 33 artigos aprovados pelo Congresso, rejeitando parcialmente os demais. O cerne da proposta, conhecido como marco temporal das terras indígenas, foi vetado. Esse marco temporal define que apenas as terras ocupadas pelos povos indígenas na data da promulgação da Constituição Federal, em 5 de outubro de 1988, serão demarcadas. A justificativa para o veto remete ao fato de que o Supremo Tribunal Federal já rejeitou a tese do marco temporal.
Outro ponto vetado foi aquele que permitia a exploração econômica das terras indígenas, inclusive através de cooperação ou contratação de não indígenas.
Pedro Lupion (PP-PR), presidente da Frente Parlamentar da Agropecuária, afirmou que vai lutar pela derrubada dos vetos, alegando que se trata de uma desconsideração ao Congresso Nacional. Lupion ressalta a ampla vantagem em que o projeto foi aprovado tanto na Câmara como no Senado. Ele argumenta que o veto, considerado parcial, acaba se assemelhando a um veto total, já que o que importa no projeto foi vetado.
José Guimarães (PT-CE), líder do governo na Câmara, afirmou que agora é necessário buscar um diálogo entre o Executivo e o Legislativo. Ele explica que o presidente vetou os pontos que considera inconstitucionais de acordo com a avaliação do Supremo Tribunal Federal. Guimarães enfatiza a importância de uma solução negociada e construção de alternativas, assegurando que isso não deve gerar dificuldades na relação entre o presidente Lula e o Congresso Nacional.
Os vetos estão sendo analisados pelo Congresso Nacional, em uma sessão conjunta de deputados e senadores. Para derrubá-los, é necessário o voto favorável de 257 deputados e 41 senadores.
