O acidente levanta questões sobre a segurança e comunicação entre as aeronaves e os controladores de tráfego aéreo. Segundo informações do Ministério de Terras, Infraestruturas, Transportes e Turismo, houve uma falha na comunicação entre os controladores de terra e as aeronaves. Ambas as aeronaves envolvidas receberam autorização para pousar no mesmo local, o que levanta dúvidas sobre a precisão das comunicações e a interpretação das ordens dadas.
As investigações em andamento buscam esclarecer se houve algum erro na comunicação ou interpretação das ordens por parte dos pilotos. As autoridades locais afirmam que a permissão de pouso concedida à JAL foi confirmada após análise do diálogo entre o piloto da Japan Airlines e a torre de controle do aeroporto. O relato da equipe operacional da JAL reitera que receberam a permissão de pouso do controle de tráfego aéreo e seguiram com os procedimentos de aproximação e pouso.
A colisão resultou em uma enorme bola de fogo no aeroporto de Haneda, um dos mais movimentados da Ásia. Dentro das aeronaves, a situação era crítica. No avião da Guarda Costeira, um De Havilland Canada DHC-8, cinco tripulantes morreram. Enquanto no Airbus A350, parte da aeronave pegava fogo e a fumaça dominava os corredores.
A rápida resposta da equipe de cabine da Japan Airlines, aliada à colaboração dos passageiros, garantiu que todos fossem evacuados em menos de dois minutos, mesmo com apenas três saídas de emergência disponíveis. Os passageiros cumpriram a ordem de deixar para trás malas e bolsas, agilizando a saída de todos. A operação foi elogiada como um exemplo de cooperação e eficiência em situações extremas. Ainda que a situação tenha sido crítica, as ações rápidas e eficazes salvaram vidas.